이듬해인 병진년(1856년) 4월에 양산군(梁山郡) 천성산에 들어가 3층(層)의 단(壇)을 쌓고 향(香)과 예폐(禮幣)를 마련하여 널리 창생을 구제하고 싶다는 뜻을 발원(發願)하고 49일 동안 경건하게 기도를 드리기 시작하였다. 그러나 기한을 채우기 이틀 전에 마음이 느닷없이 용솟음치듯 뭉클거리자, 스스로 그 숙부(叔父)가 병들어 세상을 떠난 것으로 짐작하고는 마침내 재계(齋戒)를 그만두고 산에서 내려갔다. 장례를 마치고 정사년(1857년) 여름에 다시 천성산에 들어가 49일간 기도를 하고 나자 영궁(靈窮)이 원융(圓融)하고 가슴속이 꽉 찬 듯하여 마치 자기 혼자만 터득한 묘리(妙理)가 있는 것 같았다.
집에 돌아와서는 산속에서 살아가려는 생각을 잊었다는 뜻을 내보이고 싶어서 집안에 남은 집과 토지를 모두 팔아넘겼다. 그리고 어쩔 수 없는 형편으로 향화답(香火畓) 8두락(斗落)두락(斗落)을 전후로 나누어서 7인에게 모두 팔아 천성산 동네 입구에 있는 집 밖에다가 철점(鐵店, 대장간)을 개설하고 후원(後院)에는 도량을 열어 105일 동안이나 경건한 기도를 계속하였다.
제세주가 기도를 마친 뒤에 본향(本鄕)에 귀가해보니 그 향화답을 매수한 7인이 부정(不正)하게 팔았다고 따졌다. 제세주는 사실대로 자백하고 논을 산 7인에게 와달라고 부탁하여 자신의 잘못이니 법정(法廷)의 처결에 따르겠다고 하였다. 당시에 이웃에 사는 어떤 노파가 갑자기 전질(癲疾, 간질병)에 걸려 어지러워 땅바닥에 놀라 쓰러지자 그 노파의 세 아들과 두 사위가 함께 제세주에게 와서 슬피 울부짖으며 살려달라고 애걸하였다. 제세주가 “너희들은 나를 믿고 걱정하지 말라”고 하니, 사람들이 모두 고개를 숙이고 시킨 대로 하였다. 이에 제세주는 깨끗한 물을 그 얼굴에 붓고 친히 자기 손으로 쓰다듬었다. 조금 지나자 노파의 목구멍 안에서 헐떡이는 숨기운이 조금 들리더니 뒤이어 피 한 덩이를 토해내고는 몸을 뒤집어 소생하였으므로 이웃 사람들이 모두 놀라고 탄복하였다.
이로부터 제세주는 비로소 아픈 사람을 널리 구제할 큰 뜻을 품고서 당장 옷을 추어올리고 집을 나서 양산(梁山)과 울산(蔚山) 사이를 두루 돌아다니면서 기이한 스님에게 영서(靈書)를 받고 깊고 오묘한 이치를 스스로 깨달았으며 천성산에 도단(道壇)을 쌓고 초두(醮斗, 기도)에만 열중하였다. 집안의 숙부가 돌아가신 것을 미리 알아챈 일과 간질병으로 죽어가는 이웃 노파를 살려낸 일은 제세주에게는 대수롭지 않은 자잘구레한 일에 지나지 않았다.
같은 해(同年) 여름 4월 5일은 제세주의 큰조카인 최세조(崔世祚)의 생일이었다. 조카가 옷과 갓을 보내어 제세주를 초청하였는데 제세주는 조카의 그 마음을 막고 싶지 않아서 생일 잔치에 가서 참석하였다. 그날 정오 무렵에 갑자기 가슴이 싸늘해지고 몸이 떨리기에 잠시 집에 돌아가겠다고 말하고는 대청 위에 올라갔다. 그러나 갈수록 더욱 몸이 떨리고 가슴이 두근거리면서 정신이 아찔하고 어지러웠는데 왜 그런지 알 수가 없었다. 겉으로는 신령(神靈)과 접신(接神)한 듯한 낌새가 있었고 속으로는 영적인 말씀을 내려 주는 듯한 가르침이 있는 듯하더니 어떤 선어(仙語)가 갑자기 귀 속에 들어왔다. 제세주가 이에 마음을 진정하고 기운을 차린 뒤에 질문을 던졌다. 〈그러자 이렇게 말하는 소리가 들렸다.〉 “두려워하지도 말고 무서워하지도 말아라. 세상 사람들은 나를 한울님[上帝]이라고 하는데 너는 한울님을 모르느냐?”라고 하였다. 제세주가 자기를 왜 이렇게 아프게 하는지 다시 물어보자 이렇게 말했다. “나는 선천(先天) 5만년 무렵에 애만 쓰고 공(功)을 세우지 못한 까닭에 너희가 사는 세간(世間)에 태어나서 이 법(法)으로 사람들을 가르치고 있으니 제발 의심하지 말라”고 하였다. 그리고는 이어 침을 뱉을 종이를 펴고 영부(靈符)을 받으라고 명령하였다.
제세주가 종이를 받들고 기다리자 조금 뒤에 종이에 반짝반짝한 것이 부풀어 일어나더니 둥글게 변하기도 하고 네모진 형태로 변하다가 어느새 물체의 형상이 되었는데 이것이 영부라는 것이었다. 제세주가 아들에게 그것을 보게 하였으나 아무 것도 보이지 않는다고 대답하였다. 그러나 제세주가 보면 또렷하게 자기 눈에만 보였다. 이윽고 상제(上帝, 한울님)가 말하였다. “영부는 곧 영원히 죽지 않게 해주는 선약(仙藥)인데 그 형체는 태극(太極)이고 또 궁을(弓乙) 처럼 생겼다. 나의 이 영부를 받아서 사람들의 질병을 고쳐주고 나의 주문(呪文)을 받아서 사람들이 나를 위하도록 가르치면 너도 영원히 죽지 않고 장생(長生)하면서 천하에 덕(德)을 펴게 될 것이다”라고 하였다. 이에 제세주는 상제가 내린 명령을 받들어 그 영부와 글을 받아 입속에 넣어 삼켰는데, 2백일이 지나자 얼굴에 윤기가 나고 몸에 살이 올라 영험한 효과가 드러났으므로 그때서야 그것이 선약인 줄을 알았다.
제세주는 상하(上下)를 두루 유람하다가 마침내 용담의 옛집으로 돌아와서 세상을 은둔하되 걱정하지 않고 도(道)를 즐기며 스스로 즐거워 하였다. 하늘이 우리 제세주로 하여금 잠자고 남은 여가에 조용히 은거(隱居)하면서 이치를 끝까지 연구하여 천하에 덕을 펴도록 하려는 것이었으리라.
안정(安定) 6년, 기미년(1859년) 10월에 교유하던 사람들의 곁을 떠나 혼자 조촐하게 지내면서 정도(正道)를 지키는 학문에 전념하다가 마침내 처자식을 이끌고 용담의 옛집으로 돌아가 이름자를 바꾸고 의관(衣冠)을 없애고 영원히 밖에 나가지 않기로 맹세하였다. 그리고는 고행(苦行)을 참고 견디어 지극한 정성으로 하늘에 축원(祝願)하는 일에 힘썼으니 이때가 태어나신 후 36년이 되던 기미년 10월이었다.
경신년(1860년) 1월 입춘일(立春日)에 제세주는 시(詩) 1수를 벽에 썼다. 그 시에 이르기를, “도기(道氣)를 오래 보존하면 사기(邪氣)가 침입하지 못하거늘, 세상 사람들은 귀추가 나랑 똑같지 않네[道氣長存邪不入 世間衆人不同歸]”라고 하였다.
그 당시에 서양 세력이 동방(東方)에 점차 침투해 들어오자, 그 물밀 듯이 밀려오는 풍조를 막을 수가 없었다. 인심(人心)이 이로 인하여 끓어오르고 세도(世道)가 이로 인하여 더러워졌는데, 마음에 들지도 않고 이치에 닿지도 않았으며 천명(天命)을 돌아보지 아니하여 어느 곳이든 나아갈 곳이 없었다. 또 서양 세력이 튼튼한 배와 매서운 대포(大砲)로 무력과 위력을 뽐내어 우쭐대고, 열강(列强)은 시끄럽게 날마다 요구하고 협박하였다. 더구나 우리 동아시아 일대가 때마침 그 폐해를 물려 받았으니 어찌 입술이 없어지는 걱정[脣亡之患]이 없을 수 있겠는가. 제세주는 어떻게 본래의 순수하고 질박한 상태로 되돌릴 수 있을까를 생각하면서 항상 속으로 우려하고 깊이 탄식을 하였다.
제세주는 항상 한울님[天主]을 받들어 모시는 일을 염려하여 매우 신중하게 처신하였다. 9월 9일이 되자 또 강화(降話)를 하였는데 그 하나는 환술(幻術)에 관한 것이고 하나는 부귀영화에 관한 것이었으므로 제세주는 달가워하지 하지 않았다. 이때부터 비록 명령이나 교시(敎示)가 있더라도 절대 따르지 아니하고, 상제의 명명(明命)을 받으려고 벼르면서 마침내 음식을 사절(謝絶)한 채 공경히 기다렸는데 11일에 다시 강화의 교시가 있었다. 거기에 이르길, “내 마음이 곧 너의 마음이므로 너에게 이 도를 천명(闡明)하도록 줄 터이니 그 글을 만들어 사람들을 가르치고 그 법을 바르게 하고 덕을 펴서 영원무궁토록 후대에 전달하라. 영주(靈呪)도 함께 주겠다”라고 하였다. 제세주는 그때서야 공경히 명명(明命)을 따르고 평소에 장엄하게 외웠다.

영주[靈呪]

지기(至氣)가 이제 이르니 4월이 왔도다. 한울님을 모시면 우리를 장생(長生)하게 해주어 무궁하고 무궁하도록 온갖 일을 알 수 있도다.

제세주는 이에 거의 1년이 지나도록 수련하고 헤아리고 나니 또한 자연(自然)의 이치가 없지 않았다. 그러므로 한편으로는 주문(呪文)을 짓고 한편으로는 강령(降靈)하는 법을 만들고 한편으로는 잊히지 않는 말씀을 만들어 차례대로 법을 말하였는데, 그 모든 것이 결국 21자(字)에 지나지 않았다.

제자초학주문[弟子初學呪文]

한울님을 위하면 내 심정을 보살펴주고 영원토록 잊지 않으면 온갖 일이 적절하게 되리라.

강령주문[降靈呪文]

지극한 기운이 이제 이르렀으니 크게 강림(降臨)을 하소서.

본주문[本呪文]

한울님을 모시면 조화(造化)가 정해지고 영원토록 잊지 않으면 온갖 일을 알게 되리라.

제세주는 강명(降命)이 명확한 것을 깨달아 마음을 살피고 도를 음미하여 후학들을 개도(開導)하고자 「용담가(龍潭歌)」와 「교훈가(敎訓歌)」를 지었다 또 「처사가(處士歌)」와 「고자가(告子歌)」, 「법제주문(法制呪文)」 등 많은 글을 남겼다.
경신년(1860년) 10월 그믐에 제세주가 부모의 산소에 성묘를 하려고 할 때 때마침 폭우가 크게 내리자 집안 사람들이 서로 번갈아가며 성묘를 그만두라고 청하였다. 제세주는 “한울님이 내리신 명령이 있어서 나 스스로도 그만둘 수가 없다”라고 하고는 조카인 최세조(崔世祚)의 집에서 말을 빌려 타고 갔다. 산소에 오고 가는 20리 길에 큰 비가 쏟아지는 가운데 한 가닥 햇빛이 사람과 말을 에워싸듯 껴안아주어 말과 사람이 모두 비에 젖지 않았다. 최세조는 속으로 기이하게 여기고는 비로소 그때서야 가르침을 받들고 도를 닦았다.
이듬해인 신유년(1861년) 봄에 사방의 어진 선비들이 찾아들었고 소문을 듣고 찾아온 자들은 하인을 바꿔가며 그 수를 세어도 이루 다 셀 수 없을 정도로 많았다. 혹은 감화되어 입도(入道)하고 혹은 도를 펴도록 권면하여, 마침내 「포덕문(布德文)」과 『동경대전(東經大全)』 4편(篇)을 지었다.
그 해 6월에 해월(海月) 대신사(大神師)인 휘(諱) 최경상이 무극대도(無極大道)로써 세상 사람들을 계도(啓導)하다가 예물을 마련하여 제자로 받아 주기를 청하자 제세주가 해월 선생에게 말했다. “우리 도는 어디를 가더라도 돌아오지 않은 적이 없는 이치를 받아서 아무 하는 일이 없어도 변화하는 것이오. 하늘을 마치 부모처럼 여기어 섬기고 남을 섬기기를 마치 하늘을 섬기듯이 하라”고 하였다. 제세주는 성(誠)･경(敬)･신(信)으로써 도를 수립하는 요체로 삼았고, 수심(守心)과 정기(正氣)를 도를 수련하는 요점으로 삼았으며, 덕을 펴고 대중을 널리 구제하는 것을 도를 행하는 연장으로 삼았다. 도는 비록 하늘의 도이지만 서학(西學)에 대비하여 굳이 이름을 붙이자면 동학(東學)이라고 할 수 있다. 제과(諸科)를 세워 입도한 자들이 각자 준행토록 하였는데, 그 첫째는 깨끗한 물로 정성을 올리는 것이고, 그 둘째는 아침과 저녁 식사 때에 반드시 하늘에 고(告)하는 것이고,식사 때에 반드시 고(告)하는 것이고 그 셋째는 출입할 때 반드시 하늘에 고하는 것이었다. 날마다 하는 행동이나 말과 일에 이르기까지도 하늘에 모두 고하도록 하는 것이 바로 수도(修道)하는 자의 초급 과정이었다.
어느 날 하루는 제세주가 남쪽으로 가고 싶은 마음을 가지고 슬프게 탄식하기를, “요즘 우리 도를 포교(布敎)하는 자들이 거칠고 점잖지 못하니 누가 그 근원에 거슬러 올라가서 그 지류(支流)를 들어올릴 수 있을 것인가?”라고 하였다. 그 해 11월에 마침내 최중희(崔仲羲)와 함께 길을 떠나 호남의 남원(南原)으로 향하여 가다가 서공서(徐公瑞)의 집에서 열흘 남짓 쉬고 난 뒤에 길을 돌려 은적암(隱寂庵)에 이르렀다. 그 당시에 온갖 산의 깊숙한 곳에 대중들이 일제히 모여들어서 감로(甘露)의 법문(法門)을 열어 현지를 자세히 설명하고 금강(金剛)의 보좌(寶座)에 근거하여 진전(眞詮, 참된 깨달음)을 거침없이 드러내었는데, 석가세존(釋迦世尊)이 쌍수(雙樹)에서 적멸(寂滅, 열반)을 보인 몸이 고스란히 다시 나타난 듯하였다. 제세주는 온몸이 떨릴 듯이 매우 기뻐하였다. 허술한 집에 깨끗하게 거처하면서 깊은 밤에도 베개를 고이고 생각에 잠기면 제연(諸緣)이 갑자기 사라지고 온갖 소리가 모두 조용해져 신령스러움이 마치 감응(感應)이 있는 듯하였다. 이에 점괘를 집어내[扶乩]점괘를 집어내[扶乩] 「도수사(道修詞)」와 「논학문(論學文)」을 지어 길이 탄식하는 뜻을 은연중에 내비쳤다.