갑오년(1894) 고종 31년-공의 나이 44세- 4월 동학의 소요가 일어난 소식을 듣고, 자제들에게 의롭고 방정한 몸가짐을 가르쳤으며 집안의 법도를 정하여 검소하게 하였다. 5월 무남영 우영관(武南營右領官)에 제수되었으나 부임하지 않았다. ○ 이때에 최제우(崔濟愚), 서장옥(徐章玉), 김개남(金開南), 전봉준(全奉準)의 무리가 동학도(東學道)라는 이름으로 ‘시천주(侍天主)’의 주문을 외우며, 세상을 미혹시켜 무리를 모으고, 병사와 무기를 동원하여 조정에서 임명한 관리인 남원 수령을 죽였다. 그러므로 감사(監司) 김공 학진(金公䳽鎭)이 공을 제수하도록 계청(啓請)한 것이다. 6월 영소전(靈昭殿)을 세워 공자(孔子)의 영정을 봉안하였다. ○ 이때에 동학이 크게 치성하였는데, 호남이 가장 심해서 물들지 않은 사람이 없었다. 이웃의 선비인 강문회(姜文會)가 마침 이르자, 공이 말하기를 “내가 왕년에 함열군(咸悅郡)을 유람하면서 문묘(文廟) 옆에 있는 영소전을 보았는데, 곧 공자의 영정을 봉안한 곳이었습니다. 함열의 고(故) 사인(舍人) 남궁수(南宮燧)가 사신으로 중국에 들어갔다가 진영(眞影)을 받들고 와서 자기 가숙(家塾)에 봉안하였는데, 한두 세대 뒤에 가문이 쇠락하자 마을 유림들이 문묘 서쪽으로 옮겨 봉안한 것이었습니다. 제가 남궁 씨의 행적에 감동하여 그 일을 본받고자 하였습니다. 지금 온 세상이 도도하게 흘러가 장차 이 도가 사라질 것이니, 동지 몇 사람을 얻어 성상(聖像)을 모사해서 모셔 놓고 강학하고자 합니다. 만약 저들 무리가 와서 해를 끼친다면 묘정(廟庭)에서 함께 죽는 것이 또한 옳지 않겠습니까.” 하였다. 강문회가 좋다고 하면서 따르기를 원하자, 마침내 아들 응철(應喆)에게 명하여 강문회, 김송현(金松鉉), 임병욱(林炳昱), 이봉의(李鳳儀)와 함께 함열로 가서 성상을 모사해서 돌아오게 하고, 서실(書室)에 임시로 봉안했다가 가묘(家廟)로 옮겼으며, 재목을 모아 영소전을 건립하여 봉안하였다. 초하루와 보름에 분향하고 봄가을로 제향을 올렸으니 4월 13일은 바로 공자의 기일이고, 8월 27일은 바로 탄신일이다. 12월 1일 동비 수괴 김개남을 사로잡아 심영(沁營)-강화-의 초관(哨官) 박승규(朴勝圭)에게 넘겼다. ○ 동학의 소요를 피해 와서 따르는 자들이 많았는데, 공이 김종섭(金瑽燮)으로 하여금 김개남을 유인하여 송두용(宋斗鏞)의 집에 잡아 놓게 하고, 김송현(金松鉉)ㆍ임병욱(林炳昱)ㆍ송도용(宋道鏞)에게 명하여 가서 관군을 불러오게 하였다. 세 사람이 공의 명함을 가지고 은진(恩津) 경계에 도착했을 때에 마침 전라도 위무사(全羅道慰撫使) 이공 도재(李公道宰)가 어명을 받들어 심영의 군사를 이끌고 왔다. 명함을 보여 주고 상황을 알리자, 위무사가 완영(完營)의 장리(將吏)에게 묻기를 “임병찬은 어떤 사람인가?” 하니, 사람들이 모두 공의 지난 행적과 현재 행사를 대략 설명하였다. 마침내 1개 소대를 초관 박승규에게 영솔하도록 명하고, 임병욱에게 먼저 가서 소식을 전하게 하였다. 11월 그믐에 용강촌(龍江村)에 이르러 군대를 머물러 놓고, 12월 1일 새벽에 순검(巡檢) 2명과 병정 3명이 먼저 와서 상황을 살폈다. 공이 말하기를 “큰 병력을 쓸 필요 없이 단지 이 정도면 충분하다.” 하고, 김종섭으로 하여금 동민 십여 명을 데리고 가서 관군을 도와 김개남을 사로잡고 심영의 군대로 압송케 하였다. 을미년(1895) 고종 32년-공의 나이 45세- 정월 임실 군수(任實郡守)에 제수되었으나 부임하지 않았다. ○ 김개남이 법대로 처형된 후 사람들이 모두 소문을 듣고는 서로 먼저 힘을 내니 전봉준(全琫準)ㆍ김덕명(金德明) 등이 차례로 체포되었고, 관군의 수고 없이 호남이 다 평정되었다. 위무사가 공의 공로에 감동하여 천거하기를 계청하였다. 공이 이를 듣고 아우 병대(炳大)를 보내 편지로 사양하였다. 그 대략의 내용에 “근자에 행한 일은 공명을 위한 것이 아니고 단지 백성과 나라를 위한 것이었을 뿐입니다. 시골로 돌아올 때에 이미 벼슬에 대한 마음을 끊었으니, 지금 만약 직책을 맡기신다면 장차 머리를 풀고 멀리 달아나 결단코 이 땅 사람이 되지 않을 것입니다.” 하였다. 위무사가 편지를 보고 감탄하고는 심영 중군(沁營中軍) 황헌주(黃憲周)로 대신 보고하였다. 2월 궁현동약계(弓峴洞約契)를 결성하였다. ○ 위무사가 쌀 20섬을 보내자, 공이 사양하며 말하기를 “만약 돈과 곡식에 마음이 있었다면 어찌 관직을 사양할 리가 있겠습니까.” 하고 받지 않았다. 위무사가 나중에 200전(錢)을 보내면서 편지에 대략 말하기를 “김개남을 법대로 처형한 일로 조정의 상전(賞典)이 있었습니다. 그런데 제 수하의 병사들은 실제로 큰 공로가 없었고 오직 종성리 마을 사람들이 삿된 도에 물들지 않아 마침내 큰 공을 이루었으니 만약 상을 내리지 않는다면 선양하는 도리에 흠이 생길 것입니다. 이것은 영감께 드리는 것이 아니라 바로 동민에게 베푸는 것이니 절대 물리지 마십시오.” 하니, 마침내 동민을 모아 놓고 이런 뜻을 선포하였다. 이어서 계를 만들어 봄가을로 강신(講信)하면서 한편으로는 조정의 은택을 잊지 않고 한편으로는 함께 고생하며 피난했던 일을 잊지 않으니, 여씨향약(呂氏鄕約)과 서원향약(西原鄕約)을 본받은 것이다. 위무사가 이런 내용을 상부에 보고하니 조정에서 그 뜻을 가상히 여겨 종송리(種松里)를 고쳐 종성리(宗聖里)라 하였다. 10월 명성황후에 대한 흉측한 소식을 듣고 동민들을 이끌고 집 뒷산에서 서울을 바라보며 통곡하였다. 동민들에게 말하기를 “8월 20일에 왜병이 궁궐을 침범하여 황후를 시해했는데 10월에서야 비로소 국상을 알게 되었다. 전에 없던 이런 변고를 만났으니 오직 그대들은 모두 원수를 갚을 계책을 생각하라.” 하였다.